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花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。
防治措施:
①合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。
②做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。及时拔除病苗。
③移苗时用50%甲基托布津500倍液浸根24小时。用生石灰消毒土壤。并用甲基托布津500-800倍液，或15%粉锈宁500-800倍液灌根。
④4月用15%粉些宁300-800倍液灌根成年树，能有效阻止发病。夏季灌根能减缓发病的严重程度，冬季灌根能减少病原菌的越冬结构。
⑤及时挖除病死根，死树，并烧毁，消除病染原。